在口袋妖怪XY通关后，重新进入游戏就会进入二周目，本篇是基于Y版的二周目攻略，X版或许有一些不同，谨请注意。
【一、前往卡洛斯地区南面城市──キナンシティ】
1.1、回到家里，妈妈说博士叫你到ミアレステーション(Miare车站)
走出家门，莎娜的主角PM生了蛋并孵化，让主角选自己一只PM来交换(火系是フォッコ，名称：フォッぷ)
1.2、飞往ミアレシティ北区，从PC往右走到绿色咖啡店前，进入对面的大建筑物Miare车站
博士正在等候主角，两名博士研究生给主角追加全国图鉴
1.3、博士给你可以去キナンシティ的车票-TMVパス作礼物，并说明在黄色车票压印机压印便可乘搭列车
1.4、初到キナンシティ车站外的男人送你バトルレコーター(对战记录器)，可记录特殊设施和线上对战的视频
【二、】
2.1、通关后首次在野外任何一处遇见野生PM，出现闪光并遇见Lv.70ファイヤー(火鸟)，但它立即逃走了
此后L.70的3鸟(雷鸟、火鸟、急冻鸟)都会在地图随机在野外出现并逃走，但每次都不能进行对战
(据消息指遇见一定次数后3鸟会定点在海神の穴，未经证实)
2.2、回到20番道路左面ポケモンの村的山洞，可定点捕捉Lv.70超梦
捕获后直接获得ミュウツナイトX/Y(超梦MEGA进化道具)
2.3、终の洞窟(18番道路右上)从-2/F右下方走上，可定点捕捉Lv.70ジガルデ(龙+地)
附近可拾获はっきんだま(白金玉)、こんごうだま(金刚玉)、しらたま(白玉)
=暂时知道可捕捉PM、获得道具=
キナンシティ
→PC左上屋内答男子问题后对战
→PC右屋内小女孩送招式机器91ラスタ-カノン(光栅炮)
→左上屋内坐着的女子送招式机器58フルーフォール(自由下落)
道具：きんのたま
ヒヨクシティ(12番道路右)
→北面找到肥佬(テイエルノ)获得ハート久ウロコ(心之鳞片)
=其他资料=
【キナンシティ】
.PC内可购买招式机器：
オーバーヒート80000円
ワイルドボルト50000円
ギガインパワト90000円
リフレクター30000円
ひかりのかべ30000円
.PC内紫发男子可测定PM最高个体的能力项
| 道具 | BP | 效果(只寫新的) |
| タウリン | 2P | |
| リゾチウム | 2P | |
| ブロムヘキシン | 2P | |
| キトサン | 2P | |
| インドメタシン | 2P | |
| マックスアップ | 2P | |
| パワーリスト | 16P | |
| パワーベルト | 16P | |
| パワーレンズ | 16P | |
| パワーバンド | 16P | |
| パワーアンクル | 16P | |
| パワーウエイト | 16P | |
| どくどくだま | 16P | |
| かえんだま | 16P | |
| しろいハーブ | 32P | |
| パワフルハーブ | 32P | |
| きゅうこん | 32P | |
| じゅうでんち | 32P | |
| レッドカード | 32P | |
| だっしゅつボタン | 32P | |
| じゃくてんほけん(弱点对策) | 32P | (new)被剋制招式所傷，自身物攻和特攻提升兩個等級 |
| ねらいのまと | 32P | |
| プロテクター | 32P | |
| ホイップポップ | 32P | |
| においぶくろ | 32P | (new) |
| エレキブースター | 32P | |
| マグマブースター | 32P | |
| れいかいのぬの | 32P | |
| アップグレード | 32P | |
| あやしいパッチ | 32P | |
| ものしりメガネ | 48P | |
| こだわりメガネ | 48P | |
| ピントレンズ | 48P | |
| フォーカスレンズ | 48P | |
| こうかくレンズ | 48P | |
| ちからのハチマキ | 48P | |
| きあいのハチマキ | 48P | |
| こだわりハチマキ | 48P | |
| こだわりスカーフ | 48P | |
| とつぃげきチョッキ | 48P | (new) |
| きあいのタスキ | 48P | |
| するどいツメ | 48P | |
| するどいキバ | 48P | |
| ひかりのこな | 48P | |
| いのちのたま | 48P | |
| くろいてっきゅう | 48P | |
| ふうせん | 48P | |
| しめつけバンド | 48P | |
| ぼうじんゴーグル | 48P | (new) |
| ふしぎなアメ | 48P | |
| とくせんカプセル | 200P | (new)擁有2種類特性的PM，可使用膠囊改變特性 |
| 招式機器 | BP | 效果 |
| りんしょう | 16P | |
| やきつくす | 16P | |
| いばる | 24P | |
| さきおくり | 24P | |
| ほえる | 24P | |
| うちおとす | 32P | |
| ヘドロウェーブ | 32P | |
| はがねのつばさ | 32P | |
| だいばくはつ | 48P | |
| かたきうち | 48P | |
| ボルトチェンジ | 48P | |
| ゆめくい | 48P |
|
.バトルハウス(战斗屋)
一共4种对战模式可挑战：单打(3V3)/双打(4V4)/叁打(6V6)/??()
并没有像以往战斗塔般有一轮7场的限制
每场对战独立计算BP，每场对战后可中途离开，并保留连胜记录
连胜1至10场，每场获得1BP
连胜11至19场，每场获得2BP
[单打]战胜第20场BOSS获得20BP，阵容：
→No.432ブニャット(东施喵)
No.040プクリン(胖可丁)，道具：空贝铃，招式：10万伏特、轮唱
No.326ブーピッグ(噗噗猪)，招式：精神干扰、宝石力量
(【估计】每连胜10场，BP数=n+1，上限每场10BP)
.フレンドサファリ(好友狩猎区)
每人的FC户口都固定代表一种属性区域，以及两只特定的PM(Lv.30)(自己是看不到的，其他人加了你FC并成为好友才看到)
加了好友的FC，便可进入对方的区域(成为好友后，区域会一直存在狩猎区)
注：PM固定为随机2项个体31)
でてくるポケモン(出现PM数量)●●○(2/3)
【一、前往卡洛斯地区南面城市──キナンシティ】
1.1、回到家里，妈妈说博士叫你到ミアレステーション(Miare车站)
走出家门，莎娜的主角PM生了蛋并孵化，让主角选自己一只PM来交换(火系是フォッコ，名称：フォッぷ)
1.2、飞往ミアレシティ北区，从PC往右走到绿色咖啡店前，进入对面的大建筑物Miare车站
博士正在等候主角，两名博士研究生给主角追加全国图鉴
1.3、博士给你可以去キナンシティ的车票-TMVパス作礼物，并说明在黄色车票压印机压印便可乘搭列车
1.4、初到キナンシティ车站外的男人送你バトルレコーター(对战记录器)，可记录特殊设施和线上对战的视频
【二、谜之光，升级MEGALink】
2.1、到キナンシティ的战斗屋对战后，往北面会见到劲敌在池塘一旁等候
战胜他后获得アブソルナイト(阿勃梭鲁MEGA进化道具)
然后带博士的口信，知道MEGA石的秘密，并说博士在ヒャッコクシティ的日时计等你
2.2、找到博士后，告诉你MEGALink升级的方法
他推测3000年前击毁最终兵器的光，是传说PM(X/Y兽)的力量，由此生成特殊的石：MEGA石
也许是由火之石变化出来，PM的某种波长改变成不可思议的石，像这般..
不断变化的太阳光线、谜之光，从20:00开始一小时内，日时计放射出的光芒，是3000年来谜之物
不知道能否解释与MEGALink的关係。
博士让你接触日时计，吸收日时计的力量，使MEGALink升级后
会在每天20:00~21:59对埋藏于各处的的MEGA石有反应
[位置]：
No.63胡地→映し身の洞窟(11番道路上)-2/F左上深处
No.115袋龙→辉きの洞窟(8番道路右)进去转右到终处
[X版限定]No.127大甲→ハクダンの森(2番道路上)入口直线走
No.130暴鲤龙→レンリタウン(18番道路右下)右下方叁条瀑布下
[Y版限定]No.214赫拉剋罗斯→ハクダンの森(2番道路上)入口直线走
No.212巨钳螳螂2/F→フロストケイブ([15/16路右]フウジョタウン上)2/F雪人身后
[Y版限定]No.229黑鲁加→16番道路滑轮NPC附近
[X版限定]No.248班吉拉→ショウヨウシティ(8番道路上)道馆内攀上岩一次后往右攀
No.303大嘴娃→コボクタウン(5番道路左下)北面ショボンヌ城2/F
[X版限定]No.306→ショウヨウシティ(8番道路上)道馆内攀上岩一次后往右攀
No.308恰雷姆→クノエシティ(14番道路上)左面
[X版限定]No.310雷电兽→16番道路滑轮NPC附近
No.354诅咒娃娃→空ろの间([攀瀑]22番道路右下)
No.445烈咬陆鲨→チャンピオンロード(冠军之路)为你治疗PM的训练员左面碎岩进去
【三、国际刑警帅哥(Handsome)与帅哥侦探House】
(每完成一话后会增加少许時尚值)第一话──「その男ハンサム」
3.1.1、升级MEGALink后，到大城市ミアレシティ任何一处移动
便会收到匿名信息，请你到ルージュ広场(正北面)附近的名叫ハンサムハウス(HandsomeHouse)的建筑物相谈
3.1.2、在ミアレシティ中心PC对面穿过小巷，到了ルージュ広场往左走，寿司店对面就是他的房子了
因为你成为卡洛斯地区冠军、战胜闪光团以救世界，帅哥请求你做他侦探事务所的助手
3.1.3、但由于你对侦察之事一无所知，当你準备好的时候，再跟他对话，便会先给你进行侦探训练
→收集他在这城市街上散布喷洒了闪光的5枚ハンサムチケット(帅哥票)，每张票都会有提示(没用的)
走出事务所他会给你5枚票大概位置的信息
1.ローズ広场的PC内[市中心PC]
2.メディオプラザ(MedioPlaza)，照亮城市的塔内[即市中心的光棱塔]
3.プランタンアベニュー(春天大道?)卖药的专门店内[市的正南方/塔内右面出口→浅蓝色店]
4.北面商店街人群的场所1F[北面PC往右走，第一座黑色的酒店]
5.北面商店街艺术的宝库1F[北面PC对面的艺术馆]
3.1.4、集齐5枚票后，返回帅哥侦探事务所(看3.2)找他，成为了帅哥House的一员了
此后他有事拜託你便会以ホロキャスター(HoloCaster)给你信息
第二话──「路地里に生きるもの」
(为方便描述和阅读，下称ミアレ|シティ为Miare|市)
3.2.1、随意在Miare市穿插广场大街，帅哥便会叫你到他的House
看看他桌上的纸条：
组织-妈妈之友委託调查，最近小孩都聚集到Miare的后巷的阴暗地方做些什么古怪的事
令妈妈很担心，所以请你调查一下，让小孩不再到后巷徘徊
于是帅哥叫你到南面横街调查
3.2.2、到东南面(南面PC往左)，进入1星餐、草羊旁边的小窄巷
发现一群小孩在守卫他们的秘密基地，要进去便先要战胜他们
最后发现塬来是一个生活在那小巷的孤儿，和叫もこお的ニャスパー跟一群小孩玩
于是帅哥让孤儿当他的助手，以后便可在他事务所睡(帅哥住酒店)，不用怕风吹雨打。
当问到要不一起来，但却因怕成年人而吓跑了
帅哥请你去找牠回来(牠会去其他像这裡的小巷)